Die Staatsanwaltschaften in Bayern waren zunächst in der - damals noch bayerischen - Pfalz nach französischem Vorbild eingerichtet worden. 1832 wurden die beiden Obersten Gerichtshöfe Bayerns, der links- und der rechtsrheinische Gerichtshof zusammengeführt; die staatsanwaltschaftlichen Aufgaben beim Obersten Gerichtshof der Pfalz gingen auf die Generalstaatsprokuratur in München über, die von da an für ganz Bayern zuständig war.

Mit dem Gerichtsorganisationsgesetz vom 4.6.1848 wurde ein vierstufiger Gerichtsaufbau eingeführt, der Einzelrichter beim “Untersten Gericht”, Bezirksgerichte, das Appellationsgericht und den Obersten Gerichtshof vorsah. Bei allen Gerichten vom Bezirksgericht aufwärts waren Staatsanwaltschaften zu bilden, die die Aufsicht der Regierung über die Rechtspflege vermitteln sollten. Auf Grund dieses Gesetzes wurde am 8.3.1851 die Generalstaatsanwaltschaft gegründet, die ihren Dienstsitz in den Räumen des Obersten Gerichtshofes in der Neuhauser Straße hatte.

Das bayerische Gerichtsverfassungsgesetz 1862 brachte eine endgültige Trennung von Justiz und Verwaltung sowie eine Namensänderung der Gerichte mit sich, berührte aber ihre Zuständigkeiten wenig. Das deutsche Gerichtsverfasssungsgesetz von 1877 dagegen führte den bis heute erhaltenen vierstufigen Gerichtsaufbau (Amtsgerichte, Landgerichte, Oberlandesgerichte und das Reichsgericht, jetzt Bundesgerichtshof) ein. Für Bayern machte das EGGVG den Vorbehalt der Beibehaltung des Bayerischen Obersten Landesgerichts als Revisionsinstanz. Davon wurde zunächst nur in Zivilsachen Gebrauch gemacht; ab 1900 wurde die Zuständigkeit für die strafrechtliche Revision beim BayObLG konzentriert und die staatsanwaltschaftlichen Aufgaben in diesen Verfahren der Generalstaatsanwaltschaft bei dem Bayerischen Obersten Landesgericht übertragen.

Durch die Verordnung über die Änderung des Gerichtswesens in Bayern vom 19.3.1935 lösten die Nationalsozialisten das Bayerische Oberste Landesgericht mit Wirkung vom 1.4.1935 auf. Damit fand auch die Staatsanwaltschaft ihr vorläufiges Ende.

Die Wiedererrichtung erfolgte nach dem Zusammenbruch des Dritten Reiches durch Gesetz Nr. 124 vom 11. Mai 1948 mit Wirkung vom 1. Juli 1948.

Durch Gesetz vom 20.10.2004 löste der Bayerische Landtag die Staatsanwaltschaft bei dem Bayerischen Obersten Landesgericht mit Wirkung zum 1.1.2005 auf.